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教育部將從明年起推動「高教深耕計畫」，取消原本「邁向頂尖大學」等3大計畫。台大過去在邁頂計畫開設上百門東南亞課程，聘100多名兼任教師，因無法確保經費能否延續，造成排課困難。教務長郭鴻基表示，只能說服老師改簽短期約，硬著頭皮開課。教育部表示，未來高教深耕計畫用在教學的經費比率增加，相信可解決相關問題。

郭鴻基說，台大從4年多前起開設印尼語、越南語等東南亞語系課程，學生除學習東南亞語言，還能了解當地文化與經濟發展。但東南亞師資畢竟是少數，好不容易憑著邁頂計畫聘到優秀老師，現在卻因經費分配方式改變，可能留不住師資，學生修課權益也恐受影響。

他表示，隨著東南亞市場蓬勃發展，這些課程在台大已是常態，也很受學生歡迎，但「經常性課程」卻沒「經常性經費」挹注，要學校怎麼推動國際化？未來要如何培養學生到國際競爭？他建議教育部推出新政前，應給學校應變時間，事先也要通盤多方思考與溝通，否則先前投注的資源，後期無法銜接，恐「自廢武功」。

此外，為培養國際英語人才，台大長期開設英語寫作課程，由專任教師逐篇更改、指導，一學年聘6名專任教師，至少需700萬元經費，未來若少了經費支持，也難繼續開設。

教育部次長姚立德表示，高教深耕計畫未來第一部分經費「落實教學創新」，共編列88億元，各校未來用在教學的經費不會比過去少。此外，計畫也限制不可用在蓋實體大樓，僅限用在擴充軟體資源，未來用在師生身上的資源會更多。